As águas que escoam pelo Parque Estadual do Cantão - PEC são provenientes principalmente da bacia do Rio Javaés, o qual forma a maior parte da área de influência indireta do PEC. As águas interiores do Cantão correspondem a área total de 8.148 hectares, incluindo 843 lagos e 156 Km de furos e canais navegáveis. Todo o restante do médio Araguaia tem aproximadamente 200 lagos de meandro abandonado, ilustrando a importância desproporcional do Cantão para o ecossistema desse grande rio. Os lagos de meandro abandonado são locais de reprodução para muitas espécies de peixes, e por concentrar 80% dos lagos da região o Cantão é conhecido como o "berçário do Araguaia". Devido ao grande número de lagos e canais, o Cantão funciona como área de reprodução e criação dos peixes do médio Araguaia, representando, portanto, uma importância crítica para a economia regional. Uma parte importante da ictiofauna é migratória e, parece provável que durante a cheia, peixes ovados do Araguaia migram para o Cantão em grandes cardumes para alimentar-se nas florestas inundadas. Essa migração é de muita importância para o ecossistema do Cantão já que é a base da cadeia trófica e resulta em uma importação anual de nutrientes. A composição da ictiofauna dos canais entre as ilhas do Rio Araguaia é diferente das águas do interior do Parque. Durante a seca, os peixes se concentram nos lagos isolados.As águas do Cantão fluem, de modo geral, do Rio Javaés para o Rio do Coco, e desembocam no Araguaia no porto da balsa de Caseara. Não obstante, as águas do Javaés não misturam-se de imediato com as águas barrentas do Araguaia, porém seguem fluindo pela margem direita do Araguaia.No período de enchentes, outubro até abril ou maio, quando quase toda a precipitação de 2000 milímetros do Cantão cai sob a forma de chuvas torrenciais, o Rio Javaés inunda seu delta com águas de coloração escura com poucos sedimentos, deixando secas apenas os chamados torrões, as terras mais elevadas. Devido a esse feito diferença entre lagos, furos e canais, em termos ecológicos, praticamente não existe já que, durante um período de 2 a 6 meses das cheias, todos esses corpos de água se interconectam. Então é possível cruzar o Cantão navegando entre lagos através de uma série de lagoas conectadas por canais menores chamados "esgotos". Na seca, de junho a setembro, o nível da água normalmente baixa de 5 a 7 metros. Os lagos ficam isolados e secam os varjões, os esgotos e a maior parte dos furos e canais fica interrompida em vários locais por bancos de areia, transformando-se em cadeias de lagos isolados. O Rio Javaezinho, de 21 Km de comprimento é o único furo que não se fecha na seca. Com seus inúmeros lagos e canais, não existe no médio Araguaia outra região comparável ao Cantão.  A degradação desse sistema resultaria no empobrecimento do ecossistema do parque e não é uma ameaça remota.  A Ilha do Bananal já perdeu a maior parte de seus lagos, e a pesca já entrou em processo de colapso nas regiões de maior concentração populacional.  A contenção e reversão desse processo é prioridade absoluta para o manejo do ecossistema do Cantão.

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