Estima-se que aproximadamente 27% do Cantão (algo em torno de 24.000 hectares) sejam de igapós. Trata-se de uma floresta sazonalmente alagada onde a flora fica submersa por um período de quatro a oito meses. Porém esse alagamento é variável, uma vez que os terrenos mais baixos alagam todos os anos e os mais altos apenas em cheias excepcionais e por curtos períodos. Essa formação é um dos atrativos turísticos do parque, pois ao navegar entre a floresta, quase é possível tocar na copa de algumas árvores de pequeno porte.
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